诞生于战乱时期的木斋图书馆命运多舛，历经兵燹劫难，馆中书籍或烧毁或飘零。木斋图书馆有两座，一为天津南开大学木斋图书馆，一为北平私立木斋图书馆，分别于1927年、1934年由卢靖创建。
卢靖(1856—1948)，字勉之，改字木斋，室名“慎始基斋”，湖北沔阳人，清末民初藏书家、实业家、教育家，曾长期寓居天津。其父祖辈以读书、教书传世，家境清贫。他自幼好学，长于算学，常因贫穷买不起书而向亲友借书来抄写研读，有时发现书肆中有好书，就向别人借钱购回。由此，他深感买书难、读书难，发愿将来得志兴学办馆，让买不起书的人能够借阅。1885年，他“以朴学异才膺特荐，列乡举，始获与当世贤士大夫相同旋”，次年得到李鸿章赏识，任天津武备学堂算学总教习。后任保定大学堂督学、直隶提学使、奉天提学使、东北三省提学使等职。他还曾自费刻印《慎始基斋丛书》，为学子提供基本读物，指导治学门径。
辛亥革命后，卢靖毅然辞官，专事兴学办馆。1927年，捐资十万元兴建天津南开大学图书馆。1928年10月17日，在南开大学九周年校庆之际，举行图书馆落成仪式，命名为“木斋图书馆”。此馆位于南开园马蹄湖北面。除捐款外，卢靖还将数十年来节衣缩食所购藏的十余万卷图书捐出。为表彰他为南开大学所做巨大贡献，1929年南开大学特立碑建亭以示纪念。碑文《木斋图书馆记》由湖北罗田王葆心撰写。1934年春，柳亚子来到南开大学，参观木斋图书馆后赋诗赞曰：“百城南面足论功，堂构巍峨缔造雄。十万万金书万轴，教人长忆木斋翁。”不幸的是，1937年7月29日，木斋图书馆遭到日军猛烈轰炸和纵火焚烧，与校园其他主要建筑一同化为灰烬，所藏书籍也损毁殆尽。
继南开大学木斋图书馆之后，卢靖还以私人力量，在北平建立第二座木斋图书馆。1934年11月，他选定北平西单旧刑部街20号(今民族文化宫所在地)作为馆址。经过两年筹备，1936年10月18日，举行盛大开馆典礼，其藏书主要来自卢靖多年个人收藏，以及他的弟弟、历史学家卢弼(字慎之)的藏书。北平私立木斋图书馆成立后，还与国立北平图书馆合作，开办图书巡回阅览业务，并编印《北平私立木斋图书馆季刊》。
然而，该馆开办不到九个月，1937年7月7日，日本发动全面侵华战争，为避免破坏木斋图书馆被迫闭馆。抗战期间，图书馆的二十多万册藏书经历巨大劫难，遭受的破坏令人痛心。抗战胜利后，卢先生年近九旬，精力不济，无力恢复开馆。据历史学家蔡美彪回忆，1946年他去看望卢靖先生时，先生已卧床不起，由专人护理。
1948年8月，卢靖在北京逝世。稍令人欣慰的是，他辛苦收藏的书籍最终有十分之一留存于清华大学图书馆。
1951年秋，南开大学木斋图书馆在原址修复。1958年新开湖畔的图书馆建成，木斋图书馆改作学校办公楼。
